Emmanuel Pahud comincia a studiare il flauto all’età di 8 anni a Roma, per proseguire ad Uccle, Basilea, Parigi. Nel 1985 vince il Concorso Nazionale del Belgio e debutta come solista con l’Orchestra Nazionale del Belgio. 

Diplomatosi al Conservatorio Nazionale Superiore di Parigi, nel 1990 con il “Premier Prix”, vince  numerosi premi tra cui il Concorso di Duino nel 1988, quello di Kobe nel 1989 e il Concorso internazionale di Ginevra nel 1992. Viene invitato a far parte dei Berliner Philharmoniker in qualità di primo flauto direttamente dal Direttore Claudio Abbado . Nel 1993, insieme al pianista Éric Le Sage e al clarinettista Paul Meyer, suoi intimi amici e collaboratori abituali, fonda il Festival de l’Emperi, dedicato alla Musica da Camera, presso Salon-de-Provence, in Francia. 

L’interesse di Pahud per i linguaggi contemporanei e l’ampliamento del repertorio flautistico trova espressione nelle numerose composizioni dedicategli e scritte su sua commissione, come i concerti per flauto e orchestra di Matthias Pintscher (Transir, 2006), Marc-André Dalbavie (2006), Michel Jarrell (…Un temps de silence…, 2007), Elliott Carter (2008), Luca Lombardi (2010).
A caratterizzare l’approccio musicale di Emmanuel Pahud sono in particolare la flessibilità e la capacità di adattamento. In virtù dell’elevato controllo esercitato dal flautista ginevrino sullo strumento e, soprattutto, sul proprio atteggiamento fisico, la tecnica strumentale è di volta in volta ripensata in funzione delle caratteristiche della composizione e del suo particolare contesto storico: attraverso un impiego altamente diversificato delle risonanze corporee, delle tecniche di emissione e di vibrato, dell’articolazione digitale, i vari stili musicali di volta in volta affrontati – che spaziano dal repertorio barocco, presentato in esecuzioni filologiche, a quello contemporaneo, con occasionali escursioni nel jazz – trovano espressione nell’adozione di tavolozze timbriche, modalità di fraseggio, pronunce drasticamente differenti.